Вместе с родителями, тремя сестрами и братом с самого рождения много путешествовал по центральной и южной Америке, так как мать и отец состояли в религиозной секте. Когда Хоакину было около трех лет, родители порвали с сектой, и они всей семьей переехали во Флориду. Детство у него было бедное – в финансовом плане, но никак не в эмоциональном. Куча новых впечатлений от путешествий и любящая родня, это во многом определило его характер.

В четыре года Хоакин поменял имя на "Лиф" (Leaf – лист), т.к. он хотел соответствовать остальным детям в семье, имевшим «природные» имена, к тому же окружающим не давалось правильное произношение его настоящего имени. Дети устраивали на улицах представления и пели, чтобы заработать денег. Постепенно родители стали продвигать их на телевидение. Дебют Хоакина состоялся в эпизоде ситкома "Семь невест для семи братьев". Первая роль в кино – фильм "Космический лагерь" (1986 год). Он начал активно сниматься, однако в пятнадцать лет решил на время оставить это занятие, т.к. не находил больше для себя интересных предложений. Он уехал в Мексику с отцом. В этот же период он поменял имя обратно на "Хоакин".

В 1993 году у Хоакина трагически погибает его старший брат Ривер, который к тому времени уже имел статус культового актера, и это событие надолго выбило Хоакина из колеи. В мир большого кино он вернулся в 1995 году в фильме "Умереть за" режиссера Гаса Ван Сэнта. Впоследствии он работал с такими режиссерами, как М. Найт Шьямалан, Томас Винтерберг, Ридли Скотт, Филипп Кауфман, Оливер Стоун, Джоэль Шумахер, и другими.

За роль в фильме "Гладиатор" Хоакин был номинирован на "Оскар" за лучшую роль второго плана. За свой последний по времени проект – биопик "Walk the line" - получил награду "Золотой Глобус" в категории "Лучший актер в мюзикле/комедии", а также вновь был выдвинут на "Оскар", на этот раз в номинации "Лучшая актер".

Хоакин является строгим вегетарианцем, не ест ничего, что имеет отношение к животным, и не носит одежду из меха или кожи. Состоит в PETA (Люди за этичное отношение к животным) и периодически оказывает содействие разнообразным гуманитарным организациям вроде Peace Alliance.